在《凰图腾》的大结局中，风燕对皇上说舍不得，主要是因为 皇上对风燕的深情和付出。皇上对风燕的爱是真挚的，从最后一个馒头还会分她一半可以看出，皇上最后几乎失去了所有他爱的在乎的人，所以风燕觉得自己不能再离开他了。皇上为风燕做的太多了，无论是出于感激还是报恩，风燕都不舍得因自己离开而让皇上难过伤心。此外，即使风燕心中爱的是飞鸿，但经过那么多事，他们不可能再回到从前了，风燕也意识到这一点。

风燕在剧情中逐渐从过去的阴霾中走出来，对皇上有了感情。虽然一开始她并不爱皇上，但在皇上的保护下，她感受到了温暖和关爱，最终决定回到皇上身边。皇上也放下了对风燕的美貌的贪图，真心爱上了她，并为她做了很多事，最终风燕还当上了皇后。

因此，风燕对皇上说舍不得，是因为她感受到了皇上的深情和付出，并且意识到自己已经无法离开皇上。这也意味着，尽管风燕心中曾经有飞鸿，但最终她选择了皇上，并且他们的感情得到了圆满的结局。