《凰图腾》的结局是风萤因吃醉凝脂最后眼瞎了，彩蝶和段飞鸿离开了，风燕和皇上在一起了，最终当上了皇后，太后为皇上挡刀牺牲了。皇上夜里再次在当初遇到风燕假扮嫦娥的小树林里行走，看到了一只玉兔，然而却已经物是人非了。风燕穿着嫦娥的衣服却突然出现，皇上看到很吃惊。风燕表示皇上放了自己走，却让自己明白心意有些不舍。风燕回到宫殿里看着眼睛看不见的风萤，心疼了起来。

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