《生化危机4》的内容主要围绕主角里昂·肯尼迪和总统的女儿阿什利·格林汉姆的救援行动展开。故事发生在浣熊市事件结束后的6年，此时伞公司已经倒闭，里昂作为美国特工，被派遣去欧洲某个偏远村庄解救被绑架的阿什利。里昂在途中遇到了当地警察的协助，并与两名警察大叔一同前往情报来源的小村子。在村庄中，里昂发现阿什利被一伙恐怖分子绑架，这些恐怖分子被一种特殊的寄生虫感染，背后隐藏着一个更大的阴谋。

在游戏中，玩家需要探索村庄，与各种敌人战斗，并解决各种谜题。除了里昂，电影版中还引入了其他角色，如爱丽丝、克莱尔和克里斯，他们也在电影中扮演重要角色。电影版中，爱丽丝在阿拉斯加找到了昏迷的克莱尔，并追踪信号源来到了洛杉矶，与克里斯和艾尔伯特·威斯克（Shawn Roberts 饰）汇合，展开了一场与保护伞公司的大战。

电影版的结局中，吉尔·瓦伦婷带领特种部队出现，她胸前戴着保护伞公司的红色注射器，暗示着《生化危机5》的可能性。整个故事充满了紧张刺激的场面和扣人心弦的情节，是生化危机系列电影中的经典之作。