永琪最终未与小燕子结婚的原因可归纳为以下三点，综合了剧情发展与历史背景分析：

一、皇权与礼教制度限制

身份地位悬殊

小燕子出身贫寒，与身份尊贵的五阿哥永琪存在巨大差距。在皇家制度下，这种身份差异注定了他们无法维持纯粹的爱情关系。正如灰姑娘故事中灰姑娘最终接受王子，但失去自我，小燕子的结局也反映了这一现实。

皇室婚姻的象征意义

婚姻在皇家不仅是情感联结，更承载着政治联姻的象征意义。知画作为富察皇后的侄女，与永琪的结合符合皇室对血脉延续的追求，而小燕子则无法提供这种政治价值。

太后与皇阿玛的强制安排

太后与皇阿玛的权威高于皇室成员个人意愿。永琪娶小燕子是太后为其安排的“退步”，而娶知画则是为了稳定皇室关系。例如，老佛爷以箫剑性命威胁永琪，迫使他接受知画为侧福晋。

二、永琪个人性格与责任束缚

愧疚与责任感的冲突

永琪因父亲被害事件对小燕子怀有愧疚感，并为逃避宫廷斗争选择与她离开。婚后，他逐渐意识到自己需为皇室承担更多责任，而小燕子的性格与宫廷规矩格格不入。

性格差异与相处模式

小燕子天真烂漫、缺乏责任感，常以自我为中心。永琪虽深爱她，但长期共同生活后，其性格中的任性与小燕子的幼稚形成矛盾，导致相处渐显疲惫。

三、剧情发展中的关键转折

知画的崛起与威胁

知画凭借美貌与智慧逐渐获得皇阿玛宠爱，成为永琪婚姻中的最大威胁。为维护皇室利益，老佛爷不得不牺牲小燕子的幸福。

结局的隐含可能性

部分剧情暗示永琪可能另娶他人，但最终与小燕子的感情仍被保留。例如，有推测称永琪可能逃至云南与小燕子团聚，但这一情节未明确呈现。

综上，永琪未娶小燕子的核心原因是皇权与礼教的强制束缚，其次是个人性格与责任的冲突，最终导致两人无法突破身份与制度的限制。