在学术论文的参考文献中， 通常不需要加书名号。根据《中华人民共和国国家标准标点符号用法》的规定，书名号主要用于标明书名、篇名、报纸名、刊物名等。而在学术论文的引用格式中，一般使用中括号来代替书名号，例如：。

具体来说，参考文献中的文章引用通常不需要加书名号，而应使用中括号或其他适当的标点符号来表示。例如：

1. 吴剑， 齐鄂荣， 程晓如， 黄明海. 废水生物脱氮技术的研究发展[J]. 武汉大学学报（工学版）, 2002, 35（1）: 76~79.

2. 李军， 杨秀山， 彭永臻. 微生物与水处理工程[M]. 化学工业出版社， 2002, 370~396.

因此，在撰写学术论文时，建议遵循所在学校或期刊的具体要求，保持一致的引用格式，以确保参考文献的规范性和易读性。如果学校或期刊有特定的要求，例如需要加书名号，则应遵循这些要求。