曹溪水的典故主要与禅宗南宗及其创始人六祖惠能有关。曹溪得名于禅宗南宗别号，六祖惠能在曹溪宝林寺（南华寺）演法，使得曹溪成为“禅宗祖庭”。曹溪水也常被用来喻指佛法。传说中，六祖惠能在曹溪沐浴净身，一夜之间顿悟佛理，使得曹溪水成为千年圣水。

此外，曹溪还指位于广东省曲江县东南双峰山下的河流。在南北朝时期，梁朝天监元年（公元502年），天竺婆罗门三藏智药大师到曹溪口，饮用曹溪水，甘甜可口，说道：“此水乃是我西天之水，其上必是圣地。”于是溯流而上，发现此山宛似西国的宝林山，于是劝说村里人建设寺院，并取名叫“宝林寺”，后又称“南华禅寺”。

这些典故和传说使得曹溪成为了一个具有深厚文化底蕴和宗教意义的地方。