马其顿帝国的主城需根据历史时期进行区分：

古代马其顿帝国时期

首都为 佩拉（Pella），位于今希腊北部。佩拉是马其顿王国的政治、经济和文化中心，亚历山大一世在此发动反波斯战争。

亚历山大帝国时期

随着亚历山大大帝的征服，首都迁至 巴比伦（今伊拉克巴格达附近）。这一时期帝国疆域扩展至欧亚非大陆，巴比伦成为新的政治枢纽。

补充说明

现代马其顿共和国的首都是 斯科普里（Skopje），与古代首都无直接关联。