在罗马时期，马其顿的首府经历了多次变迁，具体如下：

公元前4世纪至前1世纪

马其顿王国时期，塞萨洛尼基是首都。该城市在马其顿统一希腊后成为重要政治中心，罗马帝国时期仍由其管理，设有保民官和常驻军队。

公元395年罗马帝国分裂后

随着罗马帝国分为东西两部分，塞萨洛尼基仍为东罗马帝国（拜占庭帝国）的首府，直至476年西罗马帝国灭亡。

总结：

罗马时期马其顿的首府主要是 塞萨洛尼基，其地位贯穿了罗马共和国和东罗马帝国时期。