在《水浒传》中，攻打方腊的故事里， 并没有明确说明杨志是如何死亡的。不过，根据一些资料，我们可以推测出一些可能的情况：

因病去世：

杨志在参与南征方腊的途中得了病，在丹徒治疗。南征结束后，他病故的消息传来。

未参与战斗：

有些资料提到，杨志在征讨方腊时并未随军出战，而是留在了丹徒县养病，直到梁山征方腊胜利之后，才传来他在丹徒县病死的消息。

综合以上信息，可以推测杨志可能是在征讨方腊的过程中因病去世，或者是在战争开始后不久因故未能参与战斗，最终在丹徒县病逝。不过，这些信息在《水浒传》原著中并没有明确的记载，因此我们无法确定杨志具体的死因和过程。