苜蓿园的名字由来与 养马有关。苜蓿本是一种原产于西域的牧草，汉武帝时期由张骞引入中国。到了元朝，由于苜蓿仍是马匹和其他家畜喜爱的主要草料，政府大力提倡种植苜蓿，并专门设置了“苜蓿园”来负责种植。因此，苜蓿园成为元代隶属大都留守司的官署名称。

到了明初，南京作为国家的政治中心，都城附近需要部署军队以备军事之需，为方便养马，就在南京朝阳门外（今中山门外）专设种植苜蓿的场所，这个场所就是今天被称为“苜蓿园”的地方。

综上所述，苜蓿园的名字来源于其作为养马饲料的种植地，以及历史上作为官署的名称。