诸葛亮在特定情况下可能会选择毁掉木牛流马，主要原因可以归纳为以下几点：

高昂的成本：

木牛流马虽然提高了运输效率，但其制作工艺复杂，维护成本高昂。在资源有限的蜀汉，这成为了一个难以承受的经济负担。

低效的运输效果：

尽管木牛流马被设计用于高效运输粮草，但实际上并未能完全解决蜀军的粮草问题。在第五次北伐中，粮草短缺依旧困扰着蜀军。

高故障率：

木牛流马在复杂地形中容易出现故障，例如轮轴磨损严重，需要频繁更换，这增加了使用成本并影响了运输效率。

安全风险：

为了防止木牛流马落入敌军手中，诸葛亮可能设计了一个自毁机关。当敌军试图破解其秘密时，会触发机关导致木牛流马自毁，从而保护了蜀军的军事机密。

资源匮乏：

蜀汉国力疲敝，资源有限，高昂的成本和低效的运输工具使得木牛流马最终被放弃使用。

综合以上几点，诸葛亮毁掉木牛流马可能是出于经济、效率和安全等多方面的考虑。尽管这些运输工具在当时具有一定的创新性，但实际应用中的问题使得它们最终被遗忘。