夸美纽斯和卢梭的自然主义教育思想虽然都强调教育应遵循儿童的自然天性，但在具体的教育理念和实践方法上存在一些显著的区别：

教育目的

夸美纽斯：他认为教育的终极目的是使人为永生做准备，教育的现实目的是为现实的人生服务，培养具有“学问、德行和虔诚”的人。

卢梭：他主张教育要培养“自然人”，即不受传统束缚、按本性发展、具有独立性和社会适应性的人。

教育方法

夸美纽斯：强调教育应符合儿童年龄特征和个别差异，教学应循序渐进，不应违背儿童的自然天性的发展。他提出了“自然适应性原则”，试图从自然界中探寻教育工作的客观规律，并运用这种规律来指导教育实践。

卢梭：强调通过儿童从自己错误行为的不良后果中获得经验，从而认识到哪些该做哪些不该做。他反对道德说教和体罚，提倡形式教育和“家庭式”的教育分期，以适应儿童的身心发育水平和个别差异。

对传统教育的态度

夸美纽斯：深刻地批判了旧学校的种种弊病，指出中世纪旧学校的根本错误在于违背自然，主张改革教育必须在各方面都要遵循自然。

卢梭：反对中世纪封建教育和宗教教育对儿童天性的压抑，批判传统封建教育制度给儿童身心发展带来的“伤害”。

教育内容

夸美纽斯：注重儿童的胎教、体育、德育和智育四个方面，并从神学化转化为人本化。

卢梭：强调教育要顺应儿童的自然天性，培养“高贵的野蛮人”，提倡实质教育。

综上所述，夸美纽斯和卢梭的自然主义教育思想在强调教育应遵循儿童的自然天性的基础上，各自提出了不同的教育目的、方法和对传统教育的态度。夸美纽斯更注重教育的系统性和循序渐进，而卢梭则更强调儿童的自由和个体发展。