环境行政处罚证据指南主要包括以下内容：

适用范围

本指南适用于各级环保部门在办理行政处罚案件时，依照国家有关规定收集、审查和认定证据的活动。

术语和定义

当事人：指涉嫌违反环境保护法律、法规、规章，被环保部门立案调查的单位或个人。

证据：指在环境行政处罚案件办理中用以证明案件事实的材料，主要包括证明当事人身份的材料、证明违法事实及其性质、程度的材料、证明从重、从轻、减轻、免除处罚情节的材料、证明执法程序的材料、证明行政处罚前置程序已经实施的材料、证明案件管辖权的材料、证明环境执法人员身份的材料及其他证明案件事实的材料。

书证：指以文字、符号、图形等在物体（主要是纸张）上记载的内容、含义或表达的思想来反映案件情况的材料，如环境影响评价文件、企业生产记录、环保设施运行记录、合同、发票等缴款凭据，环保部门的环评批复、验收批复、排污许可证、危险废物经营许可证，举报信等。

物证：指以其存在状况、形状、特征、质量、属性等反映案件情况的物品和痕迹，如厂房、生产设施、环保设施、排污口标志牌、暗管，污水、废气、固体废物，受污染的农作物、水产品等。

视听资料：指以录音、拍照、摄像等方式记录声音、图像、影像来反映案件情况的资料，如录音、录像、照片等。

证人证言：指证人以口头或书面方式提供的关于案件事实的陈述。

证据收集

工作要求：在收集证据时，应遵循合法、全面、客观、公正的原则，确保证据的合法性、真实性和关联性。

收集方式：可以采取抽样取证、现场勘验、调查询问、环境监测等方式进行证据收集。

证据要求：所有证据应当尽可能是原件，原本、正本和副本均属于书证的原件。以不正当手段获取的证据材料不能作为处罚的依据。

证据审查

工作要求：审查证据时，应进行严格把关，确保证据的合法性和有效性。

审查内容：包括证据的合法性、真实性、关联性和充分性。

审查方法：通过审查、质证、比对等方法，对证据进行全面、客观、公正的分析判断，确定证据材料与案件事实之间的证明关系，排除不具有关联性的证据材料。

证据认定

直接认定：对证据进行直接确认，确定其证明力。

证明效力：根据证据的性质和来源，判断其证明效力的大小和强弱。

以上是环境行政处罚证据指南的主要内容，供各级环保部门在办理行政处罚案件时参考使用。