在《悲伤逆流成河》的番外篇《黑暗源泉》中，钟源和秦佩佩的关系以及他们的最终命运如下：

角色设定

钟源：内心善良，但生活在黑暗中，有些像易遥的影子。

秦佩佩：性格更加坏，与易遥有些相似，但行为更加恶劣。

事件发展

秦佩佩经常欺负钟源，导致钟源心生怨恨，并决定报复秦佩佩。

钟源在报复过程中，被顾森西误会，认为钟源是背后主使。

顾森西在发现真相后，意识到自己之前对钟源的误会，并看到了秦佩佩欺负钟源的铁证。

结局

易遥自杀后，顾森西带着对易遥的爱和想念转学去了另外一所学校，在异地遇见了秦佩佩和钟源。

顾森西最终发现了秦佩佩欺负钟源的铁证，从而彻底失望，认为这个世上真的找不到和易遥相像的女孩子。

钟源的命运开始慢慢地变成易遥的再版，成为轮回的悲剧。

综上所述， 秦佩佩是主使人，她做了很多坏事，包括欺负钟源和诬陷她。而钟源虽然内心善良，但也被卷入了这场校园霸凌，最终命运悲惨。顾森西在发现真相后，对易遥的误会也得以澄清，但这一切对钟源来说已经太晚。