根据我国现行法律规定，负责环境保护的最高机构是 生态环境部。具体分析如下：

机构设置与职责

根据《中华人民共和国环境保护法》第十条，国务院生态环境主管部门（即生态环境部）对全国环境保护工作实施统一监督管理。该部门是中央层面负责环境保护的核心机构，承担政策制定、监管执法、环境质量监测等职责。

其他相关机构

- 原国家环保总局：

该机构曾是国家环境保护工作的主管部门，但自2018年机构改革后，其职能已并入生态环境部，不再作为独立机构存在。

- 其他相关部门：如自然资源部、交通运输部、水利部等，虽在资源保护、污染防治等方面有具体职责，但均属于生态环境部的协同监管部门，而非最高机构。

历史机构名称辨析

选项中的“国家环境保护部”“国家环保总局”等名称已过时，不符合当前机构设置实际情况。

综上，正确答案为 生态环境部，其作为中央层面统一监管部门，负责全国环境保护工作的统筹协调与监督管理。