在电视剧《最好的我们》中，耿耿最终没有考进北京电影学院的原因是她 没有通过北京电影学院的复试。尽管在剧中有多个暗示和情节表明耿耿可能考上了北电，比如她自己在复试名单上看到了自己的名字，以及她在与余淮的电话中误以为没考上，但实际上这些情节都是剧情的设定，用以推动剧情发展。具体来说，耿耿在艺考时与余淮通了一个电话，这个行为被考官误以为是她的表演，从而让她在初考中获得了通过。然而，在表演考试中，她坦承了自己与余淮通电话的事实，因此失去了复试的机会。

此外，剧中还提到了一些细节，比如耿耿的报名号和榜单上的名字不同，这可能是因为她对自己的能力缺乏信心，或者她并没有完全确认自己的录取状态。这些情节都反映了耿耿在追求梦想过程中的心理状态和成长历程。

综上所述，耿耿没有考进北京电影学院的原因是她没有通过复试，而剧中的这些情节都是为了更好地刻画她的性格和成长过程。