《奈欧斯奥特曼》之所以只拍了12集，主要原因可以归纳为以下几点：

演员问题：

当时圆谷公司正在拍摄《高斯奥特曼》，但饰演男主角武藏的演员杉浦太阳因涉嫌“打人”案件被警察带走调查，导致拍摄工作中断。由于没有主角，圆谷公司不得不停止拍摄。

经费不足：

由于《高斯奥特曼》的拍摄中断，圆谷公司转而拍摄一部全新的奥特曼作品——奈欧斯奥特曼。由于预算有限，拍摄环境和设备都非常简陋，这直接影响了剧集的质量和数量。

OVA版定位：

《奈欧斯奥特曼》最初是作为OVA（Original Video）作品推出的，而不是TV版。OVA版的剧情通常比TV版少，这也是导致剧集数量较少的原因之一。

收视率问题：

由于制作预算低和剧情深奥，奈欧斯奥特曼的收视率非常惨淡。圆谷公司对此并不满意，最终决定停止拍摄。

高斯奥特曼的问题：

当时《高斯奥特曼》在播放过程中出现了问题，圆谷公司为了填补空缺才匆忙推出奈欧斯奥特曼。但随着高斯问题的解决，圆谷公司又转而继续拍摄高斯奥特曼。

综上所述，奈欧斯奥特曼之所以只拍了12集，是由于演员问题、经费不足、OVA版定位、收视率问题以及高斯奥特曼的问题等多方面的原因共同导致的。